1． 服务器结构的性能高于控制器结构，由于采用强有力的64位Xeon或AMD CPU，处理能力远远高于嵌入式CPU，使得服务器结构的存储系统性能高于控制器结构的存储系统；并且服务器结构下，CPU及外围芯片组更新速度快，性能不断提高。

2． 性能扩展能力，服务器结构优于控制器结构；由于采用x86的服务器结构，服务器的内存扩展以及外围接口数目的多少（如iSCSI存储的千兆口数目）可以灵活调整。通常嵌入式的存储只能有最多1-2G的内存，2-4千兆口；服务器结构的存储可以扩到16G以上的内存和8个千兆口以上。

3． 服务器结构存储设备可以实现真正意义的活性存储。根据用户环境的具体要求，针对性的在容量、性能、可靠性等方面实现灵活配置。控制器结构不可以实现多方面的灵活性。

4． 兼容性，服务器结构优于控制器结构，服务器结构的存储系统通常可以在后端级联其他类型的存储（如邦诺的SMI存储系统可以级联第三方的SCSI或FC存储）；控制器结构的存储由于是预先完全定制好的硬件，根本无法做到这一点。

5． 控制器机构的成本低于服务器结构。控制器结构下，低成本的CPU和定制的外围电路，使得制造成本低于服务器结构。